Le château d'If devient prison politique le 22 juin 1848 avec l'arrivée des premiers insurgés marseillais.
Au total, plus de trois cents hommes sont répartis dans les trois forts de Marseille dont le château d'If. Suivront les Républicains de décembre 1851 après le Coup d'Etat de Louis-Napoléon Bonaparte, futur Napoléon III, et les Communards en 1871.
La prison politique de la deuxième moitié du 19ème siècle est une prison éphémère. C'est aussi une prison qui prend soin de ses détenus (habits et chaussures neufs, régime alimentaire spécial...). La prison du château d'If au XIXème siècle n'est pas un lieu hermétique. Chaque fois que c'est possible, c'est-à-dire entre deux groupes de prisonniers politiques, on peut y entrer ou en sortir. Les fans de Dumas ne s'en privent pas tel Mark Twain qui rend visite à Dantès au mois de juillet 1867.
Exemple de graffitis de 1848